مدیریت ضعیف بنیاد شهید در طی سال‌های گذشته به عنوان میراثی از دولت گذشته همواره انتقاد کارشناسان را برانگیخته است. انتصاب افراد ناتوان و حضور مدیران به جای مانده از دولت قبل اداره این نهاد را با چالش های متعددی روبرو ساخته است. افرادی که با توجه به ضعف مدیریت شهیدی، هم چنان مدیریت این نهاد فرهنگی و اقتصادی را در اختیار خود گرفته اند.با این حال شواهد و اظهارات منابع آگاه حاکی از آن است که خداحافظی شهیدی از بنیاد شهید حتمی شده و برخی از چهره ها نیز به عنوان جایگزین وی مطرح شده اند.